L'osservatorio astronomico è sorto per iniziativa del prof. Manzi che, riconosciuta l'insufficienza del locale adibito a osservatorio astronomico costruito nel 1870 sopra la sala meteorologica, iniziò la costruzione di un ambiente autonomo e più adatto al centro dell'orto del Collegio. L'edificio risponde alle esigenze di un'autentica specola con cupola girevole in cui sono collocati gli strumenti di osservazione. Per tale attività ininterrotta dal 1883 al 1919 l'osservatorio disponeva di telescopio oltre a cronometri, cronografo e strumento dei passaggi, ora visibili nella sala dei cimeli. Tale sezione astronomica non ha tuttavia avuto un notevole sviluppo per la sfavorevole condizione - dovuta alla intensificazione edilizia e al traffico - in cui si è venuto a trovare l'osservatorio stesso. Queste cause perturbatrici hanno reso impossibile un completo studio scientifico riducendo l'attività ai soli fenomeni eccezionali.