Risale ai primi anni di vita del Collegio. Nella sezione zoologica trovano posto varie collezioni di fossili, una cospicua raccolta ornitologica ed esotica, esemplari e preparati di quasi tutti i Tipi principali dei Metazoi. Nella sezione di mineralogia sono rappresentati metalli e minerali vari, una considerevole quantità di esemplari di rocce e una preziosa collezione di conchiglie fossili. Il Museo di Storia Natura, le nella sua vita di almeno 170 anni ha avuto un notevole sviluppo, come documentano le varie collezioni d'interesse scientifico che vi sono state raccolte. L'inizio risale certamente al pregevole materiale naturalistico donato nel 1810 dal francescano minore riformato padre Zaccaria da Piacenza O.F.M. (al secolo Carlo Francesco Berta, 1721-1814), botanico e naturalista di gran fama. Questo studioso lasciò in eredità al Collegio le sue collezioni scientifiche, i suoi erbari secchi e dipinti con la relativa biblioteca specializzata in riconoscenza per averlo accolto a S.Lazzaro dopo la soppressione napoleonica del convento francescano di S.Maria di Campagna. Lo sviluppo sistematico del Museo si nota dal 1871 ed è dovuto alla introduzione nell'insegnamento del Collegio di un regolare corso di Storia Naturale tenuto da Alberto Barberis (1847-1896), professore di Storia Naturale ed in seguito anche di filosofia, al quale si deve il primo ordinamento delle raccolte. Nel 1881, per l'interessamento del Barberis, furono acquistate diverse collezioni radunate e studiate dal nobile piacentino Alberto Bracciforti riguardanti invertebrati attuali e fossili.